入力単価で一番大きな差が出るのは全工程を社内のオペレーターで行うか、入力作業の部分を在宅オペレーター(SOHO等)に委託するかによって変わります。
社内処理する場合は、オペレーターの人件費、教育や管理、その他の理由で単価はやや高めになります。但し、作業の統一性、問合せ・変更等に対するレスポンスの早さ、厳正な管理下での作業の為、個人情報漏洩のリスクが低い等のメリットがあります。また入力専用機での入力は、パソコン入力では難しい処理も可能になります。
一方、在宅オペレーターに委託した場合、必要以上の人件費等がかからない為、入力単価が圧倒的に安価です。セキュリティー面ではデータを分割するなどの高度な対策をとっている企業もありますので、依頼する際に確認してみてください。但し、たとえどんな形であれ社外に(各家庭に)データを持ち出す(送信する)訳ですから、情報漏洩のリスクはやや高めになると思われます。また作業の統一性、レスポンス面でも若干の難はあります。
このようにどちらにもメリット、デメリットがございます。最終的にはお客様の判断になりますので、データの性質等によって上手に業者を使い分けてみてはいかがでしょうか。